倭寇并非起于嘉靖朝，但嘉靖朝倭患最烈。倭患的直接起因是海禁。严嵩对倭寇的政策是与夏言是不同的。夏言重作首辅时，主张像对待北虏那样以强硬手段剿灭倭寇，嘉靖二十六年他推荐朱纨总督闽浙倭乱事。朱纨在闽浙大肆屠戮，矛盾大为激化，而利益受损的官宦交章弹劾，朝中又失去夏言的支持，他担心会受到惩罚和屈辱，而不得不含愤自杀。严嵩推荐赵文华督察军务，颇有建树。徐学谟《世庙识余录》称：“……文华一出，以贪狠故，督抚诸臣，皆畏之如虎，不敢不效命恐后，始问立战功。”在赵文华的整治下，军队已有了一定的战斗力，对平定倭患起了一定作用。更为重要的是，赵文华认为海上贸易关系国计民生，应受到国家保护，使之合法化。严嵩对倭寇的政策在赵文华那里得到最好体现。赵文华又启用抗倭名将胡宗宪，先后又网罗了一批将才，如戚继光、俞大猷、刘显、谭纶、唐顺之、王崇古、卢镗等等，他们对平定嘉靖后期的倭患起了十分重要的作用。这说明严嵩对北虏南倭的政策于国是有功的，至少并无大错。
