南云的第二个错误是和他采用的把舰载飞机分成第一攻击波和第二攻击波的方法有关的。每次攻击波都是从六艘航空母舰上按比例抽调出来的飞机编成的，而不是由两艘航空母舰的飞机编成第一攻击波，另外两艘航空母舰的飞机编成第二攻击波。虽然同时使用六艘航空母舰的飞机可以缩短飞机起飞和回收的时间，但在收回飞机和紧接在收回飞机之后的时间内如遭到敌机攻击时，必然增加了脆弱性，因为那时四艘航空母舰全都忙得不可开交，不能马上使自己的飞机起飞，以抗击敌机的进攻。同时这还意味着在这段时间内，机动部队都不能对敌航空母舰发动攻击，不管情况如何迫切需要。倘若南云只从三艘航空母舰上派出飞机去空袭马里亚纳群岛，让另外三艘航空母舰的飞机待机以备万一，他就不至于在战斗的紧要关头发现自己的手脚被缚住了。
