整编后，第四十一集团军设参谋部、政治部、后勤部、装备部等四大部门，直辖军级单位三个，第53军、第63军、第97军；直辖师级单位八个，新编骑兵第三师、骑兵第四师、机械化骑兵师、冀中军校、第一至第四军分区；直辖旅级单位8个，重炮旅、山炮旅、防空旅、辎重兵旅、工程兵旅、通讯旅、教导旅、特务旅；直辖团级单位4个，战地服务队、平安县抗日保安团、病马场、集总修械所。