其中，陆军参谋本部和海军军令部主要负责日本外派间谍的指挥、调遣与组织工作，它们派出的间谍多以使馆武官的身份为掩护。刺探所在国的各种情报。陆海军的情报组织是两个系统，互不统属。但有时也有联合，例如在二战爆发后，陆海军就在新加坡共同设立了“昭南机关”。（昭南=新加坡，日本占领新加坡后改的名称。）