所谓的菲律宾遗留问题，其实就是美国不放心将近五万的美菲联军完全托付给学兵军。这五万余部队中，万余美军正在台南接受学兵军台湾兵团的整编，剩下的将近四万余美菲联军一部在棉兰老岛接受整编，还有一部则在郭达的指挥下与本间雅晴的部队在菲律宾中部群岛展开激战。根据美国政府和学兵军签署的结盟协定，这些隶属于远东盟军司令部的美国菲律宾部队，养军费用由美国政府出，指挥权则归属于学兵军的远征第二军。美国政府当初同意建立远东盟军司令部，一方面是因为撤往澳大利亚之路被堵死，如果学兵军不伸出援手的话菲律宾部门就可能全军覆灭，属于不得已而为之。另一方面则是希望菲律宾战场能够牵制日军西征舰队主力，从而为在澳大利亚筹谋反攻赢得时间。然而人算不如天算，日军在绿岛海战之后因为考虑到维系南海运输航线的成本太大，居然收缩了在菲律宾的用兵规模，相反加强了巴布亚新几内亚攻势。美国人的祸水东引之策失败，菲律宾部门的残余兵力反而成了他们赖以维系巴澳防线的救命稻草。
